Родился в селе Большое Мурашкино, ныне районный центр Нижегородской области, в семье православного священника.
В 1871 году окончил Нижегородскую духовную семинарию и был рукоположен в священники.
Служил настоятелем в родном селе, затем стал Благочинным Арзамасского уезда и законоучителем в шести училищах, из которых одно было создано на его собственные средства.
Занимался миссионерской деятельностью среди старообрядцев, для чего скрупулёзно изучал Отцов церкви и церковную историю. Более тщательное изучение патристики привело его к убеждению в истинности католической веры.
В январе 1896 года был принят в сущем сане в Католическую церковь Марианом Фульманом, настоятелем нижегородского католического прихода.
Поскольку выход из православия, тем более священника, был до 1905 года уголовно наказуем, Зерчанинов был арестован в июле 1898 года и помещён в Суздальскую тюрьму, где содержались религиозные преступники.
В феврале 1901 года был освобождён из тюрьмы с условием проживания безвыездно на хуторе, который он приобрёл в Нижегородской губернии незадолго до своего ареста.
В заключении и в период жизни на хуторе Зерчанинов создал два своих сочинения - «Царство Божие в мире» и «Непокладные люди».
Последняя книга была издана в 1904 году в Кракове под псевдонимом А.Н. Звездин.
После опубликования манифеста о веротерпимости в 1905 году Зерчанинов смог переехать в Санкт-Петербург.
Весной 1907 года в Риме был принят Папой Пием X, перед которым Зерчанинов ходатайствовал о том, чтобы переходящие в католичество русские православные не понуждались к принятию латинского обряда.
В ноябре 1907 года вновь вернулся в Санкт-Петербург, где создал русскую грекокатолическую общину, служил на своей квартире.
Был назначен главой миссии для русских католиков восточного обряда.
Через пять лет домовая церковь была закрыта властями, отец Алексей стал викарным священником церкви святой Екатерины в Петербурге.
После установления экзархата Российской грекокатолической церкви Зерчанинов стал секретарём экзарха русских католиков отца Леонида Фёдорова.
В 1919 и 1920 годах подвергался арестам.
Вновь был арестован в 1923 году и осуждён.
Ссылку отбывал в Екатеринбурге, затем в Тобольске.
После освобождения в 1927 году проживал в городе Смоленске.
В 1929 году переехал в Нижний Новгород, где и умер.
Похоронен на Лютеранском (Немецком) кладбище.