Нижегородский купец, предприниматель
Происходил из крепостных села Копнино Нижегородского уезда.
В 1847 году выкупился вместе с семьёй и записался в нижегородское мещанство.
Начал своё дело с торговли сеном.
К моменту отмены крепостного права в 1861 году ему удалось накопить небольшую сумму денег; купив небольшой дом на окраине Нижнего Новгорода, он перевёз туда свою семью, в которой были и его трое сыновей: Николай Емельянович, Яков Емельянович и Матвей Емельянович.
Приобретя на Нижегородской ярмарке лавку для торговли зерном, через некоторое время занялся перевозкой по Волге, а затем переработкой зерна: построив первую водяную мельницу на реке Линде у деревни Мыс, а затем – паровую мельницу «Слободскую» в Канавине.
В 1870 году вступил в первую купеческую гильдию.
23 ноября 1871 года состоялось открытие нового торгово-мукомольного предприятия «Нижегородского торгового дома Емельяна Башкирова с сыновьями».
Во второй половине 1870-х годов ежегодная прибыль фирмы составляла 300-400 тысяч рублей, а в 1877 году Башкировы стали «миллионщиками»: чистый капитал фирмы достиг почти 1,2 миллиона рублей.
В 1886 году отошёл от дел.
Похоронен в ограде Казанской церкви села Крутец, ныне Богородского муниципального округа Нижегородской области.